摆线针轮减速机存在一系列明显的缺点，部分缺点如高昂的成本问题相当突出，而其中一些缺点恰好是渐开线少齿差减速机的优势所在。具体表现如下：
首先，摆线针轮减速机对零件的材质有着苛刻的要求，大多采用轴承钢。在加工方面，精度要求极高，多数零件需要进行磨削处理，并且大量零件还得经过淬火，其热处理的要求也颇为严格。这些因素无疑大幅增加了成本。
其次，摆线针轮减速机的齿面属于双凸面接触，接触应力较大。相较之下，渐开线少齿差减速机为内啮合形式，接触应力较小，因而能够采用软齿面。
再者，在输出扭矩较大时，摆线针轮减速机的外形径向尺寸会变得非常大，远超渐开线的 NGW 减速机。这一特点使其在冶金、矿山、重型、煤矿等机械领域的应用受到极大限制。例如，在煤矿机械中，摆线针轮减速机就极少被采用。
最后，摆线针轮减速机的输入轴虽然在静态下能够达到平衡，但在动态运转时却是不平衡的。当型号超过 Bw_33 时，就必须对其输入轴的转速加以限制，不得超过 1000r/min。